Urodziła się 25 sierpnia 1905 jako trzecie z dziesięciorga dzieci Marianny i Stanisława Kowalskich, rolników ze wsi Głogowiec. W dwa dni później została ochrzczona w parafii Św. Kazimierza w Świnicach Warckich. W 1912 Helena po raz pierwszy poczuła powołanie do życia zakonnego.
     2 stycznia 1934 odwiedziła po raz pierwszy malarza Eugeniusza Kazimirowskiego, który namalował obraz Miłosierdzia Bożego (Jezusa Miłosiernego) według jej wskazówek. Obraz został ukończony w kwietniu 1934. W 1937 r. ks. Sopoćko umieścił go w kościele pw. św. Michała w Wilnie, a po zamknięciu kościoła przez komunistów w 1948 r. obraz został przeniesiony do kościoła pw. św. Ducha, a potem przekazany do kościoła w Nowej Rudzie na Białorusi. Do Wilna sprowadzono go ponownie w 1986 r. i umieszczono w kościele św. Ducha. W Święto Miłosierdzia Bożego, 18 kwietnia 2004 r. Metropolita wileński rekonsekrował odnowiony kościół Trójcy Świętej na Sanktuarium Miłosierdzia Bożego i tam we wrześniu 2005 r. został umieszczony obraz Jezusa Miłosiernego.
      8 stycznia 1936 Faustyna złożyła wizytę metropolicie wileńskiemu w sprawie założenia nowego zgromadzenia, które miało poświęcić się wyłącznie modlitwie za zamkniętymi murami, głównie w intencji grzeszników, wypraszania Miłosierdzia Bożego dla świata. Ostatecznie zgromadzenie to pod nazwą Zgromadzenie Sióstr Jezusa Miłosiernego założył ks. Michał Sopoćko, 17 marca 1936 Faustyna została przeniesiona z Wilna do Domu Zgromadzenia w Walendowie.
      Siostra Faustyna miała słabe zdrowie, toteż dużo pracując fizycznie często chorowała. Zwykłe przeziębienie w lipcu 1934 trwało miesiąc. Mimo dobrej woli i starań przełożonych oraz lekarzy (we wrześniu 1936 wysyłali Faustynę na badania lekarskie w Prądniku, w grudniu do szpitala) zdrowie poprawiało się na krótko, Faustyna często musiała leżeć w łóżku. Cierpiała przez lata na gruźlicę, początkowo nierozpoznaną.
      5 października 1938 o godzinie 22:45 umarła, do ostatniej chwili zachowując świadomość.
      Pochowano ją w Łagiewnikach (obecnie dzielnica Krakowa) 7 października 1938 - w uroczystość Matki Bożej Różańcowej (był to również pierwszy piątek miesiąca). Przy klasztorze w Łagiewnikach, gdzie znajduje się grób świętej (zob. też relikwie) znajduje się obecnie Sanktuarium Bożego Miłosierdzia.
      Nie skończyła nawet trzech klas szkoły powszechnej. W 1921 rozpoczęła pracę u zamożnych rodzin w Aleksandrowie Łódzkim, Łodzi i Ostrówku. Po roku pracy Helena ujawniła swoim rodzicom zamiar wstąpienia do klasztoru. Spotkała się kilkakrotnie ze stanowczą odmową. Helena starała się być posłuszna woli rodziców, jednak w lipcu 1924 opuściła dom rodzinny i udała się do Warszawy, by tam wstąpić do jakiegoś klasztoru. Na miejscu długo szukała zgromadzenia, które mogłoby ją przyjąć. W końcu matka Michaela Moraczewska - przełożona warszawskiego domu Zgromadzenia Matki Bożej Miłosierdzia - wyraziła zgodę, polecając jednak, aby św. Faustyna pracowała jeszcze przez rok i zarobiła pieniądze na skromne wiano. 1 sierpnia 1925 Helena rozpoczęła postulat w Zgromadzeniu Matki Bożej Miłosierdzia. Jeszcze w tym samym miesiącu chciała opuścić to Zgromadzenie, gdyż wydawało jej się, że ma tam zbyt mało czasu na modlitwę. Pozostała jednak i przez trzynaście lat pełniła obowiązki: kucharki, ogrodniczki i furtianki.
      Najdłużej była w Płocku, poza tym przebywała w Wilnie i Krakowie. Przyjęła zakonne imię Maria Faustyna (wszystkie siostry tego zgromadzenia noszą pierwsze imię Maria, dlatego podaje się najczęściej tylko drugie imię), i odtąd znana była jako siostra Faustyna.
      Bogactwo życia wewnętrznego i niezwykłość jej doświadczeń duchowych stanowiła poważny problem dla jej spowiedników. Na polecenie jednego z nich, ks. Michała Sopoćki św. Faustyna zaczęła prowadzić szczegółowy zapis swoich przeżyć, znany potem jako Dzienniczek. Opisywała w nim stany mistyczne, jakich doznawała, a przede wszystkim liczne wizje i objawienia. Dotyczyły one między innymi namalowania obrazu Jezu ufam Tobie (do którego Pan Jezus miał dać szczegółowe wskazówki), modlitw Koronki do Miłosierdzia Bożego i nowenny do Miłosierdzia Bożego, ustanowienia święta Miłosierdzia Bożego (w pierwszą niedzielę po Wielkanocy) i obietnic z nimi związanych oraz powołania do życia nowego zgromadzenia kontemplacyjnego mającego wypraszać miłosierdzie dla świata